Най-добре запазената късноримска базилика в България е "Св. София" в София. Градът всъщност е наречен на църквата през османската епоха, когато църквата била превърната в джамия.
Днес базиликата е в центъра на столицата, но през Късната античност "Св. София" (името ѝ означава Света Премъдрост) се намирала извън крепостните стени. Първоначално тя била скромна гробищна църква, или по-точно – последователност от три църкви, които били построени една след друга и една върху друга в продължение на два века. Четвъртата църква – тази, която виждате днес, – била построена в края на V и началото на VI в.
Църквата била използвана и през Средновековието. През ХVI в. била превърната в джамия, а през ХIХ в. била изоставена след серия от земетресения, които ѝ нанесли тежки поражения. В края на ХIХ в. базиликата била използвана като склад и наблюдателница за местната пожарна команда.
Едва през 1911 г. археологът проф. Богдан Филов проучил базиликата и инициирал нейната реставрация. Филов е един от най-добрите археолози в историята на България, но политическата му кариера е изключително противоречива. Той бил министър-председател по времето, когато България станала съюзник на нацистка Германия. Няколко месеца след комунистическия преврат на 9 септември 1944 г. той бил екзекутиран от т.нар. Народен съд заедно с много други високопоставени политици.
През 1998 г. "Св. София" отново стана функционираща църква.
След векове, в които в нея не е изпълняван християнски религиозен ритуал, днес интериорът на "Св. София" е гол. Размерите на църквата обаче я правят впечатляваща гледка. Тя е дълга 46 м, широка е 20 м, а куполът ѝ достига 20 м височина. Подземното равнище е отворено за посетители – мрачен лабиринт от саркофази и гробници в фрески от некропола, на който някога служела църквата.
"Св. София" е едновременно функционираща църква и музей – нещо, което няма да видите в другите късноантични базилики в България.
26-метровата статуя на София, издигната през 2000 г., породи противоречиви чувства, защото беше интерпретирана като "езическо" изображение на св. София, покровителката на града. През комунизма на същото място имаше статуя на Ленин